Dès l’âge de huit ans, Émile Naoumoff vit la musique comme un art complet, notamment en recevant une formation de Nadia Boulanger, tant en théorie qu’en piano et orgue, et en accédant ainsi à la culture nécessaire à sa compréhension.
Il travaille par la suite avec des personnalités telles que Clifford Curzon, Igor Markevitch, Robert et Gaby Casadesus, André Marchal, Nikita Magaloff, Jean Françaix, Leonard Bernstein, Yehudi Menuhin, Soulima Stravinsky, Henri Dutilleux et Aram Katchatourian. Il étudie en France auprès de Pierre Sancan, Geneviève Joy, Lélia Gousseau pour le piano, Pierre Dervaux pour la direction d’orchestre et Laurent Petitgirard pour la musique de film ainsi qu’Annette Dieudonné pour le solfège, Françoise Gervais pour l’analyse et Jacqueline Robin pour le déchiffrage.
La carrière d’Emile Naoumoff rend compte des nombreux aspects du musicien : pianiste, compositeur, orchestrateur, transcripteur, pédagogue… Ses compositions – piano, musique de chambre, œuvres symphoniques, opéras – sont éditées chez Schott, Mainz. Il a également orchestré et transcrit nombre d’œuvres importantes du répertoire.
Après la mort de Nadia Boulanger, Émile Naoumoff prend sa succession en 1980 durant les sessions d’été au Conservatoire d’art américain de Fontainebleau, qu’elle avait cofondé en 1921, puis au Conservatoire national supérieur de musique de Paris. Depuis 1996, dans la tradition pédagogique de Nadia Boulanger, il a créé sa propre académie d’été au Château de Rangiport à Gargenville en France. Émile Naoumoff est également professeur de piano à l’Université d’Indiana à Bloomington. Il participe aussi à de nombreux jurys internationaux.
Tant en soliste qu’en musique de chambre, Émile Naoumoff joue et enregistre – chez de très nombreux labels – un répertoire allant des œuvres célèbres à des pièces plus rarement jouées. Il a aussi écrit des éditions commentées d’œuvres connues (Van de Velde classique) et deux livres : Passeport pour un pianiste averti et Dix ans auprès de Nadia Boulanger (Dinsic).